Pada tahun 1987, terjadi pemisahan kepemimpinan antara TK-SD Kristen Petra 7. SD Kristen Petra 7 dikepalai oleh Ny. E.S. Handijanto, sedangkan TK Kristen Petra 7 dikepalai oleh Ny. Jeanne Siby. Tahun 1997, Ny. Jeanne Siby mengundurkan diri dan kepemimpinan diserahkan kepada Ny. Farida Setiawati Limawandojo, S.Pd.